De Nieuwe Kerk aan de voorstraat behoort tot het vroegste en bekendste werk van de Leidse architect Hendrik Johannes Jesse (1860–1943).
In de loop van de 19de eeuw bleek dat de snel groeiende Hervormde Gemeente, die kerkte in de Oude Kerk (witte kerk) aan de Boulevard (een overblijfsel van de middeleeuwse, aan Andreas gewijde parochiekerk), over meer kerkruimte wilde beschikken.
1850 – Plannen voor het bouwen van een nieuwe kerk werden overwogen, uiteindelijk resulteerde dit in de bouw van twee galerijen in de Oude Kerk.
1883 – Gezocht werd naar een geschikte locatie voor het bouwen van een geheel nieuwe kerk.
1884 – De Kerkvoogdij schreef een ontwerpprijsvraag uit, het bekroonde ontwerp van architect H.J. Jesse werd gekozen uit een totaal van 53 ingezonden ontwerpen.
1885 – De bouw van de Nieuwe Kerk werd aangevangen met de eerste steenlegging op 14 mei 1885 door de Baronesse van Wassenaer van Catwijck.
1887 – Op 12 januari 1887 vond de plechtige ingebruikname plaats.
Het kerkgebouw wordt algemeen aangemerkt als een zeldzaam gaaf bewaard specimen van Nederlandse protestantse kerkbouw en kerkinrichting uit de late 19de eeuw. In haar soort is zij bovendien één van de grootste en belangrijkste voorbeelden hiervan.
Architect Jesse ontwierp een brede kruiskerk in Hollandse renaissancestijl. Het aanvankelijke ontwerp behelsde plaats te bieden aan 1500 kerkgangers, een latere verandering bewerkstelligde een verruiming tot ruim 1900 zitplaatsen.
De grondvorm van de kerk, bestaande uit twee brede, korte beuken en een lange dwarsbeuk, leverde een overzichtelijke kerkruimte op, met een onbelemmerd (de kerk heeft bijna geen steunpunten) uitzicht op de centraal geplaatste preekstoel.
Tegenover een dergelijke bijna 'spanning-loze' ruimte, zorgt de imposante overkapping met de in het zicht gelaten spantconstructie voor een prachtig tegenwicht.
De eenheid in stijl en afwerking van het interieur is in nauwe samenhang met die van het exterieur. Alle onderdelen, voorwerpen en meubelstukken kregen aandacht van architect Jesse, waarbij ook het vanuit de Nijmeegse Broerekerk overgebrachte Nolting-orgel, met zijn renaissance uitgevoerde orgelkas, uitstekend paste in het interieur van de Nieuwe Kerk. De Nieuwe Kerk is inmiddels een erkend Rijksmonument.
1900 – Kort na 1900 bleek de kerk alweer te klein. Hierop volgde een herindeling waardoor banken konden worden bijgeplaatst. Dit overigens met behoud van de amfitheater-ingedeelde opbouw (oplopend naar achteren) van de zitplaatsen.
1937 – Verbouwing van het oude vuurhok tot doopkamer naar een ontwerp van architect Jesse.
1981/1983 – Restauratie van de orgelkas en ornamenten, de bouw van een ondersteuningsvloer en het bijplaatsen van twee extra kolommen noodzakelijk voor het nieuw te bouwen orgel rugwerk (positief).
Opbouw van het nieuwe Van den Heuvel-orgel, waarvan de kerkelijke ingebruikname op 19 mei 1983 plaatsvond.
1990/1992 – Ingrijpende restauratiewerken aan het exterieur van de kerk, zoals onder meer het vernieuwen van alle rondboog- en roosvensters. Ook werden de glas-in-loodramen opnieuw in het lood gezet, en de ornamenten op de omloop van de toren vernieuwd. In de kerk kregen de wanden weer hun oorspronkelijk kleur; lichtgeel met rode biezen.